공중보건 유전체학 분야에서 지역사회 유행병의 확산 양상을 예측하기 위해 다양한 오믹스 데이터를 통합 분석하는 연구가 활발히 진행되고 있으나, 실제 적용 단계에서는 여러 방법론적 난제가 존재한다.
방법론적 도전 과제
- 데이터 이질성 및 규모 문제: 메타지노믹스, 전사체학, 그리고 임상 데이터 간의 측정 수준, 샘플링 범위, 시간적 간극이 커서 일관된 통합 모델 구축이 어렵다.
- 역학적 맥락 반영의 어려움: 기존의 생물학적 예측 모델들이 사회경제적 요인, 행동 변화 등 비생물학적 외부 교란 변수를 충분히 포착하지 못하여 예측력이 저하된다는 논쟁이 있다.
특히, 초기 감염 단계의 낮은 바이러스 로딩량에서 발생하는 희귀 변이체(돌연변이]의 초기 동향을 잡아내는 것은 현존하는 생물정보학 알고리즘의 민감도 한계를 드러내는 주요 미해결 과제이다.
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